主な災害は以下の通り。

・火事 ： 引火性の高い場所から発生する。　
　　　　　　消防署を設置することで引火性が低下する。
・地震 ： ランダムで発生する。マップ全土で建物が倒壊する。
・竜巻 ： ランダムで発生する。竜巻が通った建物を壊していく。
・暴動 ： 地価が低い場所で発生する。建物が破壊される。
・怪獣 ： 汚染が高いと発生する。　建物を破壊していく。　
　　　　　　防衛センターがあれば麻酔弾で撃退するミニゲームになる。
・UFO ： 人口が急上昇中に発生しやすい（10年目以降）。
　　　　　　誘拐される人や車をタッチして助けるミニゲームになる。

災害はどんなに防ごうとも必ず起こってしまう。
なので災害が起きた後の処理が重要になる。
災害が広い範囲で起きた場合、細かい操作で壊れた箇所を 撤去しなければならないうえに、
撤去コマンドはアンドゥ（ひとつ前にもどる）が使えないので、操作ミスが増えてしまうことが多い。
特に 「地震」は管理の部分がやられてしまうので、
大きな災害が起きたら、慎重にことを進めよう。
またそのすぐ前にセーブしていたら、やり直すのもいいだろう。

発電所の爆発は使用量が 「かなり高い」 で発生しやすい。
使用量が「かなり高い」になってしまった場合、 「高い」 か 「普通」 の状態で使うために、
発電所を増設するか能力の高いものにしないと危険である。

尚、自然災害は研究によってつくられる 「災害対策研究所」 で
かなり減らすことができる。
設置費用が高いが、効果があるので余裕があれば是非建てるといい。